Бахаите от Иран са били преследвани през цялата досегашна история на Вярата. В средата на 19 век, около 20 000 последователи са били избити от властите или от развилнели се тълпи, които смятали новозародилото се движение за ислямска ерес.
През двадесети век срещу бахаите в Иран е имало периодични изблици на насилие и правителството често ги е използвало като жертвен агнец. През 1933 г. например била забранена бахайската литература, не били признавани бахайските бракове, а бахаите на обществена служба били понижавани или уволнявани. През 1955 г. правителството надзирава разрушаването с брадви на Националния бахайски център в Техеран.
Бахаите окачествяват този модел на преследване като проява на неразбиране и страх, появяващи се при възникването на нова религия от матрицата на едно ортодоксално установено вероизповедание. Този модел се е повтарял през вековете – всяка от великите световни религии, без изключение, се е сблъсквала с жестоки преследвания през своята ранна история.
Къщата на Баб в Шираз, едно от най-светите места в Бахайския свят, беше разрушена от Революционната гвардия през 1979 г. и после изличена от земята от правителството.
През 1979 г. с възникването на ислямската република в Иран преследванията продължават в нова посока, превръщайки се в официална правителствена политика, която систематично се прилага. От 1979 г. досега над 200 бахаи са били екзекутирани или убити, стотици други са били хвърлени в затвора, а десетки хиляди са били лишени от своите работни места, пенсии, бизнес и образователни възможности. Всички национални бахайски административни структури бяха забранени от правителството, а свещени места, храмове и гробища бяха конфискувани или унищожени.
350 000-членната Бахайска общност представлява най-голямото религиозно малцинство в страната и бахаите са подтискани изцяло поради религиозна омраза. Ислямските фундаменталисти в Иран и на други места отдавна гледат на бахайската общност като на заплаха за исляма, заклеймявайки бахаите като еретици и вероотстъпници. Прогресивните идеи на Вярата относно правата на жените, независимото проучване на истината и образованието особено дразнят мюсюлманските свещенослужители. През юни 1983 г. например иранските власти арестуват десет бахайски жени и момичета. Обвинението срещу тях било, че преподават в детски класове по Бахайска вяра – което е еквивалент на неделното училище в Западния свят.
Жените били подложени на жесток физически и психически тормоз, за да се откажат от Вярата си. Такава възможност винаги се предлага и на бахайските затворници. Въпреки това, както повечето бахаи, арестувани в Иран, те отказват да се отрекат от своите убеждения, заради което биват екзекутирани.
Международните протести срещу преследването на бахаите в Иран са с широк обхват. Хиляди вестникарски материали за тези преследвания са били публикувани по цял свят. Престижни международни организации, сред които Европейският парламент и няколко национални законодателни органа, приемат резолюции, порицаващи или изразяващи загриженост относно третирането на бахаите в Иран. Още по-съществено е, че Комисията на ООН за човешките права и Генералната асамблея на ООН са приели многобройни резолюции, визиращи състоянието на човешките права в Иран. Всяка от тези резолюции без изключение споменава отношението към бахаите в Иран.
В края на 80-те години на 20 век поради силен международен натиск иранското правителство намалява процента на смъртните наказания и освобождава много бахаи, задържани в затвора. В началото на 90-те години обаче става ясно, че правителството не се отказало от целта си да унищожи Бахайската общност. През 1993 г. получава известност таен правителствен меморандум, целящ установяването на координирана политика относно “бахайския въпрос”. Изготвен от Върховния революционен културен съвет и подписан от Али Хаменеи, водачът на Ислямската република Иран, документът заявява недвусмислено, че “прогресът и развитието на “Бахайската общност ще бъдат блокирани”...
Един пример за коварната кампания да се блокира развитието на Бахайската общност може да се види в усилията да се попречи на бахаите да дадат образование на своите млади хора. Тъй като правителството не разрешава на бахаите в Иран да се записват в държавни университети, Бахайската общност там създава през 1987 г. свой собствен децентрализиран Бахайски институт за висше образование (BIHE). В един момент институтът разполага с над 150 преподаватели и предлага над 200 регионални курса по метода на “отворения университет”, което осигурява колежанско образование за над 900 бахайски младежи и девойки из цялата страна.
В поредица от нападения през есента на 1998 г. правителствени агенти арестуват около 32 преподаватели в открития университет, нахлуват в над 500 бахайски домове и конфискуват книги, вестници, компютърно оборудване и мебелировка, всичко това с цел да се закрие институтът.
Система от произволни арести, лишаване от свобода, конфискуване на имущество, отказ на достъп до образование и други права продължава през новото хилядолетие без признаци от страна на правителството, че ще прекрати своите усилия да изкорени Бахайската общност като жизнен елемент в иранското общество.
Към края на 2004 г. бахаите в Иран все още бяха лишавани от основни човешки права, включително правото да практикуват свободно своята религия. Пълното освобождаване на тази миролюбива, спазваща закона общност, остава главна причина за тревога на бахаите по цял свят.